Introduction
Dans beaucoup de TPE/PME, la gestion des absences ressemble à un puzzle : un arrêt maladie arrive, des congés étaient posés, le manager a une version, la paie une autre, et le salarié veut “récupérer” ses jours. Le problème n’est pas la mauvaise volonté : ce sont les règles qui se sont complexifiées, et l’entreprise doit désormais prouver qu’elle sait appliquer la bonne mécanique, au bon moment.
En 2026, le sujet “congés payés arrêt maladie” n’est plus une simple question RH : c’est un point de conformité qui touche la paie, la relation managériale, le risque prud’homal et la charge administrative. L’objectif de ce dossier pratique est simple : vous donner une méthode claire, réaliste et applicable dans une entreprise de 10 à 50 salariés, même sans service RH interne.
Pourquoi le risque a augmenté en 2026
Premier changement : l’arrêt maladie (y compris non professionnel) ouvre désormais des droits à congés payés, selon des modalités précisées par la loi du 22 avril 2024, entrée en vigueur le 24 avril 2024. Concrètement, vous devez suivre des compteurs plus finement, et éviter les approximations du type “absence = zéro congé”.
Deuxième changement : si un salarié tombe malade pendant une période de congés déjà posés, il peut bénéficier d’un report des jours qui coïncident avec l’arrêt, à condition de notifier l’arrêt à l’employeur (revirement de la Cour de cassation du 10 septembre 2025). Pour une petite structure, le danger n’est pas seulement juridique : c’est l’effet domino sur les plannings, la continuité de service et la paie du mois.
Troisième point, souvent oublié : la réforme prévoit des règles de rétroactivité et un calendrier de réclamation qui impose d’anticiper, notamment pour les salariés toujours en poste qui disposent d’un délai spécifique courant depuis le 24 avril 2024. Si vous attendez “que ça se tasse”, vous risquez de découvrir le sujet au pire moment : lors d’un conflit, d’un départ, d’un contrôle, ou d’un changement de prestataire paie.
Deux situations à distinguer
Pour éviter les erreurs, commencez par distinguer deux cas, car ils n’appellent pas les mêmes actions. Le premier concerne l’acquisition des droits pendant l’arrêt maladie au fil de la période de référence : ce sujet se traite dans vos paramétrages de paie et votre suivi des compteurs.
Le second concerne l’arrêt maladie qui “tombe” pendant des congés déjà planifiés : ici, l’enjeu principal est la preuve (notification, dates, traçabilité) et la bonne replanification du repos. Dans les deux cas, une règle d’or s’applique : ce qui n’est pas documenté finit par être contesté.
- Risque social : incompréhension, sentiment d’injustice, tensions manager/salarié.
- Risque paie : compteur erroné, indemnité de congés payés calculée sur une base incohérente, régularisations coûteuses.
- Risque juridique : litige sur le report, contestation lors d’un départ, arguments renforcés en cas de contentieux.
Mettre en conformité sans alourdir la paie
Vous n’avez pas besoin d’une usine à gaz. En revanche, vous avez besoin d’une “chaîne” simple, toujours identique : une règle claire, une action attendue, un responsable identifié, et une trace. C’est cette répétabilité qui sécurise une TPE/PME : elle réduit les arbitrages au cas par cas, et elle protège l’entreprise quand le contexte se tend.
Le bon niveau d’ambition en 2026 : être capable, pour chaque salarié, de répondre vite à trois questions. Combien de congés sont acquis (y compris pendant les arrêts) ? Combien ont été pris ? Et si un arrêt se superpose à des congés, comment les jours sont-ils requalifiés et reprogrammés ? Si vous savez répondre sans hésitation, vous êtes déjà au-dessus de la moyenne.
"Ce qui n’est pas tracé finit toujours par coûter." — Pratique paie
Best practice : sécuriser les compteurs (et les règles de report)
Commencez par vérifier que votre logiciel de paie (ou votre prestataire) applique bien les règles d’acquisition pendant l’arrêt maladie, avec une distinction claire selon la nature de l’arrêt. Par exemple, la loi prévoit une acquisition de 2 jours ouvrables par mois en cas d’arrêt maladie non professionnelle, dans la limite de 24 jours ouvrables par an, ce qui implique un suivi dédié.
Ensuite, organisez le “stock” de congés non pris liés à la maladie : le report existe, mais il n’est pas infini. La période de report est fixée à 15 mois minimum, et son point de départ dépend notamment de l’information délivrée au salarié après la reprise, ce qui rend la traçabilité indispensable.
Concrètement, cela signifie que votre entreprise doit être capable de prouver deux choses : l’état du compteur à la reprise, et la date à laquelle le salarié a été informé de ses droits (car c’est ce déclencheur qui évite les accumulations invisibles). Dans une TPE/PME, le plus simple est d’intégrer cette information à un rituel de reprise : un email standard ou un courrier, toujours sur le même modèle, archivé.
Si vous voulez aller plus vite, vous pouvez vous faire accompagner pour cadrer vos paramétrages paie et vos modèles de communication salarié, sans recruter en interne : MontaiguRH intervient justement sur ces sujets de conformité et de sécurisation des process.
Enfin, n’oubliez pas que “conforme” ne veut pas dire “compliqué”. Votre objectif est de rendre la règle exécutable, même un mois chargé : si la paie dépend d’une interprétation au cas par cas, vous créerez mécaniquement des incohérences, donc du risque.
Best practice : créer une procédure simple “arrêt pendant congés”
Le cas le plus conflictuel est celui-ci : le salarié était en congés, puis il tombe malade. Depuis la décision du 10 septembre 2025, le principe de report est reconnu si l’arrêt a été notifié à l’employeur, ce qui vous oblige à cadrer qui fait quoi, et sous quel délai.
La meilleure approche n’est pas de discuter “au feeling”, mais de dérouler une procédure. Elle protège le salarié (repos réel) et elle protège l’entreprise (preuve, cohérence, pas de passe-droit). Voici une version adaptée aux petites structures :
- Réception : le salarié transmet l’arrêt selon le canal habituel (email + justificatif), le manager accuse réception et alerte la paie.
- Qualification : RH/paie vérifie la période de superposition (dates exactes), puis identifie les jours de congés concernés.
- Décision et trace : l’entreprise confirme par écrit le principe retenu (report des jours coïncidant) et propose des modalités de replanification.
- Paie : mise à jour du compteur, régularisation si besoin sur le bulletin, et archivage de la preuve (arrêt, échanges, compteur).
Point d’attention : la replanification doit rester compatible avec la continuité d’activité. Vous pouvez encadrer la prise des jours reportés (périodes interdites, délais de prévenance, validation), tant que la règle est non discriminatoire, connue à l’avance, et appliquée de façon constante. Dans les faits, c’est la cohérence de traitement entre salariés qui limite les contestations.
Pour éviter les “effets surprise”, parlez-en en amont avec vos managers : un manager qui comprend la règle répond plus calmement, et vous évitez que la paie devienne le seul point d’entrée. Une courte note interne suffit souvent, à condition d’être opérationnelle : exemples, étapes, et contact référent.
Dernier point : ne mélangez pas tout. La maladie pendant congés est un sujet de repos et de report ; l’acquisition de congés pendant l’arrêt est un sujet de compteur et de période de référence. Si vous mélangez les deux, vous aboutissez à des calculs non vérifiables, et c’est exactement ce qu’un litige viendra exploiter.
Actions concrètes : checklist “zéro litige”
Vous pouvez traiter le sujet en une à deux semaines, sans immobiliser votre entreprise. L’idée est d’installer un socle, puis d’améliorer par itérations : d’abord les règles et les preuves, ensuite l’optimisation des outils.
- Action 1 - Priorité haute : Auditer vos paramétrages paie (acquisition pendant arrêt, compteur dédié, règles de report) et corriger avant la prochaine clôture.
- Action 2 - Priorité moyenne : Formaliser une procédure “arrêt pendant congés” (canal de notification, accusé réception, mise à jour compteur, modèle de réponse salarié).
- Action 3 - Quick win : Créer un modèle d’email de reprise qui récapitule le solde de congés et les modalités de prise/report, puis l’archiver systématiquement.
Si vous voulez aller plus loin, ajoutez deux contrôles mensuels très simples. D’abord : une liste des salariés avec absence maladie sur le mois, et un contrôle du compteur avant/après. Ensuite : une liste des congés posés sur la période, et un contrôle des “événements” (arrêts, accidents, absences) susceptibles de créer une superposition.
Le meilleur indicateur de maturité n’est pas un tableau complexe : c’est votre capacité à répondre rapidement à un salarié qui pose la question. Si votre réponse dépend de “on verra avec la paie”, vous avez une zone grise. Si votre réponse dépend d’une trace claire et d’une règle stable, vous êtes sécurisé.
Enfin, gardez une approche managériale. Le sujet “congés payés arrêt maladie” est sensible : il touche à la fatigue, à la santé, à l’équilibre de vie. Un process rigoureux, expliqué avec pédagogie, réduit les tensions et renforce la confiance, même quand vous devez dire non à une date de replanification.
Conclusion
En 2026, la conformité sur les congés payés et les arrêts maladie se joue sur trois leviers : des compteurs fiables, une procédure simple en cas de superposition, et des preuves faciles à retrouver. Les entreprises qui sécurisent ces bases gagnent du temps, évitent les régularisations coûteuses et réduisent fortement le risque de litige.
Vous n’avez pas besoin d’être juriste pour bien faire, mais vous devez être constant : même règle, même circuit, même trace. En mettant en place ces quelques réflexes, vous transformez un sujet anxiogène en routine maîtrisée, et vous reprenez le contrôle sur votre organisation.